در این بیمارستان بخشهاییاز جمله ارتوپدی، ارولوژی، جراحی، قلب سی سی یو، داخلی تخصصی، آی سی یو داخلی، چشم پزشکی، گوش و حلق و بینی، پوست، روماتولوژی و هماتولوژی، اطفال، نوزادان، آی سی یو نوزادان، زنان و زایمان، عفونی، سوختگی، دیالیز سنگ شکن که در بخشهای مذکور نسبت به پذیرش و بستری بیماران نیازمند و درمان آنها اهتمام لازم صورت می پذیرد. ضمنا بخشهای پاراکلینیکی این بیمارستان نیز مشتمل بر بخشهای رادیولوژی و پزشکی هسته ای سی تی اسکن، آزمایشگاههای تخصصی مرکزی، فیزیوتراپی و ادیومتری که ارتباط با امور تشخیصی درمان بیماران انجام وظیفه می نمایند. این بیمارستان در زمینه پیوند قلب در جایگاهی بالا قرار می گیرد. بخش سوختگی بیمارستان امام رضا مشهد از بزرگ ترین مراکز درمانی خاورمیانه است.بیمارستان امام رضا در درمان سرطان مجهز به سیستم های درمان سه بعدی می باشد.این بیمارستان هم چنین مجهز به درمانگاه تخصصی طب سنتی می باشد.